Zeitgleich mit dem Kirchenchor wurde auch die Schola gegründet, die somit auf eine über hundertjährige Geschichte zurückblicken kann. Bis zum 2. vatikanischen Konzil sang die Schola, geteilt in eine Knabenstimmen- und eine Männerstimmenschola, regelmässig das gregorianische Proprium und, wenn kein mehrstimmiger Chorgesang möglich war, auch das Ordinarium im sonn- und feiertäglichen Hochamt.Nach dem Konzil wurden die Einsätze der Schola zwar seltener, dennoch wurde der gregorianische Choral über die Jahrzehnte weiter gepflegt und somit die Tradition der Choralschola an St. Cäcilia fortgeführt.
Heute hat die Schola vier Mitglieder und trifft sich projektbezogen vor Auftritten in Gottesdiensten. Auch Konzerte, wie z.B.: Gregorianik & Orgel, werden von der Schola gestaltet.