Nachdem sich die technischen und klanglichen Mängel der Orgel in St. Cäcilia häuften, war es unumgänglich für das Instrument einen Neuanfang zu wagen. Ausgehend von einem Gutachten des Orgelsachverständigen des Erzbistums Köln, Herr Eckhard Isenberg, entwickelte Orgelbau Schumacher aus Eupen (Belgien) zusammen mit dem damaligen Kirchenmusiker Ulrich Karg und den verantwortlichen Gremien der Gemeinde ein völlig neues Konzept für die Orgel, welches über eine nötige Reparatur weit hinaus ging.

Da ein nicht geringer Teil der Pfeifen vom Beginn des 20. Jahrhunderts erhalten war, lag es nahe, zu versuchen, sich dem ursprünglichen Klangcharakter der Orgel wieder anzunähern. Dabei sollten die klanglichen und baulichen Veränderungen, die im Laufe der Jahrzehnte am Instrument vorgenommen worden sind nicht verleugnet werden, sondern zu einem homogenen Gesamtklangbild verschmelzen.

Da das Innere der Orgel stark verschmutzt war, wurden aber zunächst alle 2204 Pfeifen der Orgel ausgebaut. Anschließend wurde das gesamte Innenleben der Orgel gründlich von Staub und Rußablagerungen befreit und die Pfeifen einzeln von Hand ausgeblasen und abgewaschen, damit sie wieder richtig klingen konnten. Zudem wurde das Hauptgehäuse zum Gewölbe hin geschlossen, um zu vermeiden, dass aufgewirbelter Staub oder Ruß in die Orgel fallen kann und der Zugang zum Orgelinneren erneuert, da die bisherige Konstruktion zu unsicher war und hohe Unfallgefahr bestand. Außerdem verstärkte Orgelbau Schumacher die Wände des Schwellwerks und fertigte neue Schwelltüren an. Dies dient sowohl der Klangwirkung der Orgel, wie der Isolierung der Rückwand des Instruments zum Turm hin. Anschließend wurde noch ein neues Gebläse in die Orgel eingebaut. Weiterhin wurden im Rückpositiv neue Pfeifen aus Metall eingesetzt und kleine geschnitzte Bekrönungen ergänzt, um ein einheitliches Gesamtbild zwischen dem schönen historischen Hauptgehäuse und dem später hinzugefügten Rückpositiv herzustellen.

Nachdem fest stand, dass der alte Spieltisch nicht mehr wiederverwendet werden konnte, wurde ein neuer Spieltisch gebaut, dessen Äußeres einerseits zum Stil der Orgel passen sollte, dessen Inneres andererseits aber auch den Anforderungen heutiger Spielpraxis Rechnung tragen musste. Deshalb wurde das Gehäuse des Spieltischs ist in massiver Eiche ausgeführt und ebenso wie die Orgelbank mit neugotischen Verzierungen versehen. Die Registerzüge wurden in Ebenholz erstellt, die Registernamen von Hand auf Porzellanschilder aufgemalt und von schmalen messingfarbenen Rahmen eingefasst. Die Untertasten der Klaviaturen wurden aus Knochen, die Obertasten aus Ebenholz gefertigt. Im Inneren des Spieltischs verbirgt sich ein leistungsfähiger Computer der über ein USB-Kabel die Spielimpulse zu einem Empfängerbaustein in das Orgelgehäuse überträgt. So besteht seitdem unter anderem die Möglichkeit, 3000 Registrierungen vor dem Spiel abzuspeichern und später per Knopfdruck abzurufen. Die gesamte Elektronik, die für die Übertragung der Spielimpulse zu den Pfeifen verantwortlich ist, wurde erneuert, circa 100 Meter neue Kabel verlegt und neue, extrem leise Schleifenzugmagnete eingebaut. Sechs Register, die aus der Zeit des letzten Umbaus stammten, wurden aus klanglichen Gründen gegen neue ausgetauscht. Vier Register wurden innerhalb der Orgel umgesetzt, um mehr klangliche Varianten zu erreichen.

Der Inhaber von Orgelbau Schumacher, Herr Guido Schumacher, hat in wochenlanger Arbeit jedem Register eine eigene Klangfarbe gegeben und dabei den Zusammenklang einzelner Registergruppen bzw. aller Register entscheidend verändert. Seinem hervorragenden Können und sehr großem Einfühlungsvermögen ist es zu verdanken, dass die Orgel nun einen eigenen, unverwechselbaren Klang  besitzt.

Der Orgelsachverständige Eckhard Isenberg schreibt in seinem Abnahmebericht vom 23.04.2007:

 „Die Orgel in St. Cäcilia hat nach den umfangreichen Arbeiten wieder ein eigenes Gesicht erhalten. Während bei dem Fabritius/ Seifert-Instrument ein Nebeneinander von romantischen und neobarocken Registern zu beklagen war, hat der Intonateur, Herr Guido Schumacher, der Orgel ein eindeutig romantisches Gepräge gegeben. (…) Insgesamt verfügt die Orgel über eine erstaunliche Vielfalt an dynamischen Schattierungen. (…) Sehr angenehm ist das edle Plenum: Bei manchen Orgelneubauten der letzten Jahre wird der Gesamtklang extrem forciert, so dass spätestens beim Tutti-Spiel die akustische Schmerzgrenze überschritten ist – auch in Düsseldorf gibt es Beispiele solcher „Krawall-Orgeln“. Glücklicherweise ist dies in Benrath nicht der Fall. (…) Wenn man den klanglichen Zustand der Orgel vor dem Umbau kennen gelernt hat, meint man wirklich, ein neues Instrument zu hören. Hier wurde (…) ein überaus gelungenes Konzept geschaffen, welches kaum Wünsche offen lässt. (…) Das Orgelprojekt in St. Cäcilia ist ein Musterbeispiel für den Umgang mit gewachsenen Strukturen. (…) Sowohl handwerklich als auch künstlerisch ist ein gelungenes Orgelwerk entstanden, auf welches die Gemeinde stolz sein kann.“